Distribusi satuan pendidikan di wilayah Indonesia Timur memperlihatkan kesenjangan yang cukup mencolok antarprovinsi. Nusa Tenggara Timur memimpin dengan total 15.226 unit sekolah, jauh melampaui wilayah lain seperti Maluku dan Maluku Utara yang masing-masing memiliki 5.728 dan 4.567 unit. Konsentrasi lembaga pendidikan di NTT didominasi oleh jenjang sekolah dasar dan PAUD (TK/KB), yang mencerminkan upaya masif dalam penyediaan fondasi pendidikan di daerah tersebut dibandingkan wilayah kepulauan sekitarnya.
Kondisi yang lebih menantang terlihat di wilayah Papua, di mana jumlah fasilitas pendidikan masih sangat terbatas dan belum merata. Papua Selatan dan Papua Barat Daya tercatat sebagai wilayah dengan jumlah satuan pendidikan terendah, yakni masing-masing hanya 1.280 dan 1.409 unit. Minimnya jumlah SMA, SMK, dan Sekolah Luar Biasa (SLB) di hampir seluruh provinsi Papua menegaskan perlunya percepatan pembangunan infrastruktur pendidikan tingkat menengah dan khusus guna menjamin pemerataan hak belajar di daerah tertinggal.
