Virus Nipah pertama kali teridentifikasi pada 1998-1999 di wilayah Sungai Nipah, Negeri Sembilan, Malaysia. Patogen ini berasal dari kelelawar buah dan menyebar ke manusia melalui makanan atau minuman yang terkontaminasi air liur dan urin, termasuk lewat babi terinfeksi. Pada 1999, Singapura melaporkan 11 kasus setelah mengimpor babi dari Malaysia, seluruhnya menyerang pekerja rumah potong hewan.
Memasuki periode 2001-2015, Bangladesh menjadi episentrum baru dengan total 261 kasus. Wabah berulang hampir setiap tahun dan sebagian besar dipicu konsumsi getah kurma mentah yang tercemar oleh kelelawar.
India juga mencatat sejumlah wabah penting pada 2001, 2007, 2018, dan 2019. Insiden di Kerala pada 2018 menjadi yang paling mematikan, dengan tingkat fatalitas sekitar 91 persen dan dominasi penularan antarmanusia. Sementara itu, Filipina pada 2014 melaporkan 17 kasus terkait penyembelihan dan konsumsi daging kuda terinfeksi, dengan manifestasi klinis mulai dari influenza-like illness hingga ensefalitis akut.
Kasus terbaru terdeteksi pada Januari 2026 di Distrik North 24 Parganas, West Bengal, India. Dua tenaga kesehatan dikonfirmasi positif, tiga lainnya berstatus suspek, dan hampir 200 kontak erat telah dilacak serta dinyatakan negatif. Hingga 28 Januari 2026, Indonesia belum melaporkan kasus terkonfirmasi virus Nipah pada manusia.
